南京林业大学化学工程学院的前身可以追溯到1929年，由我国杰出的林学家、教育家、社会活动家、新中国首任林垦部长梁希先生在浙江大学筹建并在原中央大学(我校前身之一)创办的森林化学室。1952年全国高校院系调整时．由南京大学(原中央大学)和金陵大学两所高校的森林系合并组建成南京林学院(现南京林业大学)。并以森林化学室为基础设置了林产化学加工专业。1955年华中农学院林学系（武汉大学、南昌大学和湖北农学院森林系合并组成）并入南京林学院，林产化学加工专业师资队伍得到了加强。于1956年国内第一个正式招收林产化工专业本科生；1957年开始招收研究生。1959年5月成立林产化工系。1964年增设木材制浆专业方向，1982年增设制浆造纸专业，1981年林产化学加工工程成为我国首批博士点。1986年增设了木材?；び敫男院拖懔狭礁鲎谱ㄒ怠?989年林产化学加工工程学科被评为国家级重点学科，2002年再次被评为国家级重点学科。1993年设精细化工本科专业，同年12月林产化工系更名为化学工程学院。1994年成立林业部林产化工、制浆造纸技术咨询培训中心；1995年建立林业部林产化学加工重点开放性实验室。1996年设立制浆造纸工程硕士点。1998年林业工程一级学科(含林产化工二级学科)成立博士后流动站。同年增设生物工程本科专业。 2000年设生物化学加工工程硕士点，2002年增设化学工艺硕士点, 2003年新增设植物纤维化学与工程、生物质能源科学与技术两个博士点和硕士点。2001年增设环境工程和印刷工程两个专业以及生物资源化学与工程和化工过程与控制2个专业方向。2002年增设高分子材料与工程(生物高分子材料方向)专业。2004年新增制浆造纸博士点以及化学工艺和环境工程两个硕士点。2008年下半年，学校进行院系调整，将本院轻化工程和印刷工程两个专业组建成立轻工科学与工程学院。2011年新增化学工程与技术一级学科硕士点，2010年林产化学加工工程、环境工程列入江苏省优势学科。经过几代人的不懈努力和半个世纪的历史积淀，化学工程学院已发展成为以植物资源化学利用为特色，以林产化工、生物工程等专业为优势，以化工类专业为主的多学科协调发展的学院。
学院现拥有“林产化学加工工程”国家级重点学科，国家林业局林产化学加工重点开放性实验室以及江苏省生物质绿色燃料与化学品重点实验室，拥有林业工程（含林产化学加工工程二级学科）博士后流动站，林产化学加工工程、生物质能源科学与技术2个博士点，以及化学工程与技术一级学科硕士点，林产化学加工工程、生物化工、化学工艺、化学工程、材料加工工程、生物质能源科学与技术等二级学科硕士点。
学院下设林产化学工程系、生物工程系、精细化工系、化学工程系、制药工程系和应用化学系，同时设森林植物化学工程、生物化工、木材?；と鲅芯克Ｉ栌辛植?、化学工程与工艺（含化学工程与工艺、精细化工、生物资源化学与工程等3个方向）、生物工程、生物制药等4个本科专业，其中林产化工专业现为国家和江苏省的特色专业、江苏省品牌专业，全国本科专业综合改革试点专业。
学院现有在职教职工83人，其中教授30人、副教授19人，博士生导师17人，硕士生导师38人。现有国家青年千人1人，江苏省特聘教授7名，外籍客座教授 1 名；在校研究士220余人、本科生1200余人。几十年来，学院为国家培养和输送了数万名各层次专业人才，为我国相关产业的发展、科学研究和技术开发做出了突出贡献。近5年来，学院先后承担了国家973、863计划、国家自然科学基金、国家行业公益性科研专项等国家级项目以及部省级项目130余项，年均科研经费超过1200万元；荣获国家科技进步一等奖1项，国家技术发明二等奖2项，国家科技进步二等奖3项，部省级科技进步一、二等奖共6项；获得国家发明专利150余项，发表被SCI 、EI、 ISTP收录论文200余篇。
